Au lendemain de son élection comme supérieur provinciale de la Société des Missions Africaines, en 1937, le père Aupiais se met en effet à tenir un journal manuscrit personnel dans des carnets, qui seront numérotés de 1 à 16, sous le nom de coutumiers au moment de leur dépôt aux Archives de Rome sous la cote 3H5 ; le premier commence le 3 août 1937 ; le dernier (16) couvre la période allant de septembre 1944 à janvier 1945. Ces carnets sont intéressants pour connaitre l’histoire du père Aupiais à cette époque, sa façon de gouverner sa province, la marche de la société des Missions Africaines, le départ des pères pour l’Afrique et leur éventuel retour, l’arrivée et l’accueil des confrères et des élèves alsaciens, ses très nombreux déplacements, ses interventions religieuses, ses divers engagements sociaux et politiques. Malgré les bouleversements, la Mission continue. Ils nous donnent aussi une idée des problèmes liés à la guerre : la débâcle civile et militaire devant l’avance de l‘armée allemande en 1940, les contrôles des identités et les laissez-passer, la fouille des bagages, les restrictions alimentaires avec comme corollaire le ravitaillement clandestin ….